西藏农牧大学水利土木工程学院是西藏高校中成立最早的工科院系。1971年筹建于西藏民族学院，其前身为西藏民族学院机电队，1973年由陕西咸阳迁入西藏林芝八一镇，并改名为“西藏民族学院林芝分院农机水电系”，1978年学校经国务院批准成立“西藏农牧学院”后，为适应西藏经济的发展，于1982年停办“机械维修技工”和“农机修造”专业，扩展了水电专业方向，并改名为“西藏农牧学院水利电力工程系”。随着学科的发展，2006年8月“西藏农牧学院水利电力工程系”改称为“西藏农牧学院工程技术学院”，2010年底又更名为“水利土木工程学院”。
我院现有党委1个，师生党支部7个（2个教职工党支部，5个学生党支部）。教学科、行政办、学生科3个科室，土木工程、水电工程、水利工程3个教研室。我院现有教职工44名，其中专任教师34人（教授11人、副教授7人，具有博士学位的10人，在读博士9人，具有硕士学位的18人，在读硕士3人），实验员1人（为实验师）；专任学生辅导员5人；行政人员4人。我院拥有教育部特聘长江学者2人，国家级青年人才2人，自治区级教学名师1人；自治区优秀教师1人。
学院现有各类实验室20个，其中自治区重点实验室2个（西藏土木水利电力工程技术研究中心、高原水力发电实验室）；拥有西藏自治区冰湖灾害科技创新基地1个、雅鲁藏布大峡谷水循环西藏自治区野外科学观测研究站1个；另有校内实习电站实践教学基地1个和校外实习基地3个（多布电站、老虎嘴电站、奴下水文站）。
现涵盖本科和研究生两个层次。拥有水利水电工程、土木工程两个自治区一流本科专业，拥有水利工程一级学科硕士学位授权点和土木水利工程专业硕士学位授权点。
学院重点发展水利工程和土木工程两个一级学科。近年来，学院承担国家自然基金、省、部级等各类科研课题70余项，主持校级教改项目20余项，科研经费4500余万元，先后获得多个省部级科技进步奖、省部级教学成果奖一等奖、二等奖。在国内外刊物共发表学术论文100余篇，发明专利5项，实用新型专利50余项。
学院立足高原，服务西藏。基于西藏高原气象、高原环境、高原地质等“世界第三极”的独特自然条件，针对重大工程建设中的关键科学问题开展研究，形成了特色鲜明的高原水利土木学科优势和科研方向。
现有在校生规模达1200余人。学院始终秉持“以生为本”的工作理念，紧紧围绕“培养可靠接班人和适应西藏经济社会发展需要的高素质应用型人才”这一目标，为西藏基础建设领域输送了大批下得去、留得住、用得上、干得好的优秀专业技术人才。