根据学校“十三五”规划及转型发展要求，以 “双一流”建设为目的。水利土木工程学院确定本院的重点学科为水利工程一级学科，下设有四个学科方向：（1）水文学及水资源；学科带头人为陆光华教授，水利土木工程学院副院长，长江学者；（2）水力学及河流动力学；学科带头人为曹志翔教授；（3）水工结构工程；学科带头人为王培清教授，水利土木工程学院副院长；（4）水利水电工程；学科带头人为罗红英副教授，水利土木工程学院副院长。

西藏农牧学院水利土木工程学院以西藏水利水电研究为特色，从1972年建校就开设有农机水电方面的专业，目前有13名高级职称的教师从事该方面的研究，且有自治区重点实验室—西藏土木水利电力工程技术研究中心，该中心的相关实验仪器设备可以开展相关科学研究。另外，水利土木工程学院积极利用中西部提升计划和奖补资金，先后建成了工程力学实验室，结构力学实验室，高原水利发电中心，这些实验室的仪器设备均可用于开展西藏水利工程建设相关的科学研究。