植物科学学院前身为“西藏公学”农科班。1965年“西藏公学”更名为西藏民族学院；1971年7月成立西藏民族学院迁校筹建处，农、牧、机电、财会等专业全部搬迁至林芝；1974年12月西藏校区成立西藏民族学院林芝分院，农学、畜牧两个专业合并为农牧系；1978年经国务院批准“西藏民族学院林芝分院”更名为西藏农牧学院，农牧系同时更名为农学系；2009年，农学系更名为植物科学学院至今。学院以本科教育为中心，积极发展研究生教育，适度开展继续教育，形成了多层次办学格局。

学院始终聚焦“四件大事”、聚力“四个创建”，秉承“博学笃行、精业兴藏”的校训与“爱国、团结、勤奋、求实、创新”的校风，恪守“励学笃耕，厚德兴边”的院训与“爱国、团结、知农、笃实、创新”的院风，坚守“立足高原、面向西藏、服务三农”的办学使命。学院大力弘扬“老西藏精神”与学校“筹建精神”，紧扣“高原农业”这一发展主线，围绕高原农作物提质增效、特色产业升级、乡村振兴人才支撑三大重点领域，着力培养“靠得住、下得去、用得上、干得好”的社会主义合格建设者和可靠接班人。

学院突出产学研用相结合，聚焦高原特色作物（产业）研究和专业人才培养，先后为西藏自治区各级行政管理、农业院校及研究院所、企事业单位和农技推广机构等部门培养和输送人才8000余名，为推动高原特色农业产业高质量发展提供了有力的科技和人才支撑，为我区经济社会发展及乡村振兴作出了积极贡献。

学院现有教职工62人，专任教师52人，其中教授13人、副教授20人、高级实验师1人，博士学历教师16人（含在读）。师资队伍中，拥有自治区教学名师1名，西藏自治区“五四青年奖章”获得者1人，西藏自治区珠峰英才“拔尖人才”1人，中国科学院“西部青年学者”（院外）1人，此外柔性引进人才7名，已形成一支结构合理、素质优良的高质量教师队伍。

学院拥有作物学、植物保护和农林经济管理3个一级学科学术硕士学位授权点，1个农业专业硕士学位授权点（含农艺与种业、资源利用与植物保护、农业管理和农村发展4个领域），开设智慧农业、农学、植物保护、园艺、设施农业科学与工程、农林经济管理、农村区域发展等7个本科专业，形成了以本科教育为主体、研究生教育和成人继续教育并重的多层次办学体系。其中，农学专业2007年被列为教育部特色专业，2014年被列为国家卓越农林人才培养试点专业，2019年获批国家级一流本科专业建设点；植物保护专业于2021年获批西藏自治区一流本科专业建设点；作物栽培与耕作学2005年成为西藏自治区首批重点学科，2011年进入国家“211”工程重点学科，2025年作物学入选“十五五”西藏自治区一流学科建设。现有全日制在校学生共计1686人，其中研究生109人、本科生1577人。

学院设有农学、植保、园艺、农经4个教研室，建有8个校内教学实验室，其中高原作物栽培学与耕作学实验室、西藏高原作物分子育种实验室、西藏高原资源昆虫与应用昆虫实验室、植物病理学与微生物学实验室等4个为自治区高校重点实验室；拥有教学实习农场和实习果园2个校内实践教学基地。校外建有西藏自治区农牧科学院实习基地、拉萨市农业技术推广总站实习基地、山南市农业技术中心实习基地、日喀则市农牧业科学研究推广中心实习基地、林芝米林市娘龙村实习基地、林芝巴宜区八一镇实习基地、林芝巴宜区鲁朗镇实习基地和林芝巴宜区米瑞乡实习基地等8个实习基地。学院还建成了林芝玉米科技小院、隆子黑青稞科技小院、林周科技小院、日喀则油菜科技小院、墨脱乡村振兴科技小院、米林辣椒科技小院等6个科技小院，具备完善的本科和研究生培养所需软硬件条件，为高素质应用型人才的培养提供了坚实的实践保障。

学院建有1个校内科研创新平台：高原作物种质资源创新与利用平台，1个校外科技创新中心：林周高原作物科技创新中心，组建了高原作物栽培与育种、高原植物保护创新、青藏高原园艺创新、乡村振兴创新等4个科研创新团队。长期以来，学院重点依托西藏高原特殊的地理环境和丰富的物种资源，围绕青稞、油菜、玉米、特色果蔬和杂粮等高原作物的栽培生理与生态、高原种质保护与创新利用、高原植物植保、高原农业经济发展及乡村振兴等重点领域开展教学与科学研究，取得了丰硕成果。

学院坚持科技强院和人才兴院，科研反哺教学，科教融汇，彰显人才培养特色与水平。近5年来，学院承担国家自然科学基金、自治区科技重点专项等各类科研项目80余项，获批经费6425万元，发表学术论文534余篇，主编专著和地方特色教材13部，获省部级以上奖励8项，授权专利40项。